研究所下设

学术委员会

职称评定委员会

6个断代史研究室

先秦史研究室

战国秦汉史研究室

魏晋南北朝隋唐史研究室

宋辽金元史研究室

明史研究室

清史研究室

6个专门史研究室

马克思主义史学理论与史学史研究室

思想史研究室

历史地理研究室

中外关系史研究室

文化史研究室

社会史研究室

设《中国史研究》杂志社、图书馆

有5个非实体的研究中心依托在相关学科的研究室：

中国社会科学院甲骨文殷商史研究中心

中国社会科学院简帛研究中心

中国社会科学院敦煌学研究中心

中国社会科学院徽学研究中心

中国社会科学院历史研究所内陆欧亚学研究中心

有6个全国性的学术团体挂靠在历史研究所：

中国殷商文化研究会

中国先秦史学会

中国秦汉史研究会

中国魏晋南北朝史学会

中国明史学会

中国中外关系史学会

行政部门：

人事处

科研处

办公室