研究所下设
学术委员会
职称评定委员会
6个断代史研究室
先秦史研究室
战国秦汉史研究室
魏晋南北朝隋唐史研究室
宋辽金元史研究室
明史研究室
清史研究室
6个专门史研究室
马克思主义史学理论与史学史研究室
思想史研究室
历史地理研究室
中外关系史研究室
文化史研究室
社会史研究室
设《中国史研究》杂志社、图书馆
有5个非实体的研究中心依托在相关学科的研究室:
中国社会科学院甲骨文殷商史研究中心
中国社会科学院简帛研究中心
中国社会科学院敦煌学研究中心
中国社会科学院徽学研究中心
中国社会科学院历史研究所内陆欧亚学研究中心
有6个全国性的学术团体挂靠在历史研究所:
中国殷商文化研究会
中国先秦史学会
中国秦汉史研究会
中国魏晋南北朝史学会
中国明史学会
中国中外关系史学会
行政部门:
人事处
科研处
办公室