清史研究室的前身是中国科学院历史研究所二所明清史研究组，成立于1954年，组长为白寿彝，副组长王毓铨。一度并入中国封建后期史组，组长杨向奎，副组长郦家驹。1966年成立明清史研究室，主任杨向奎，副主任王戎笙。1978年中国社会科学院成立后，清史与明史分开设立研究室，清史研究室主任先后为杨向奎、王戎笙、张杰夫。1994年重新合并为明清史研究室，张杰夫、高翔先后任主任，林金树、万明、杨珍先后任副主任。2002年清史再次与明史分开设立研究室，现任主任吴伯娅研究员，副主任林存阳研究员。本室现有研究人员10名，其中研究员4名、副研究员3名、助理研究员3名。博士生导师1人。清史学科是中国社会科学院重点学科建设工程项目。

本室研究范围包括清朝入关前史，清朝前期、中期史以及晚清史，研究领域涉及清代学术、文化、政治、社会、典章制度、中外关系等各方面。学术史、政治史是研究重点。几代学人潜心治学，取得丰硕成果。其中，王戎笙主持撰写的《清代全史》（1－10卷），何龄修、张杰夫主编的《清代人物传稿》（上编第2、4、6、7、9、10卷）出版后，均在海内外产生了较大影响。《清代全史》获中国社会科学院第一届优秀科研成果奖、第八届中国图书奖、郭沫若历史学奖三等奖、第二届三个一百原创图书出版工程奖。樊克政的专著《龚自珍年谱考略》获中国社会科学院第六届优秀科研成果三等奖。杨海英的专著《洪承畴与明清易代研究》获中国社会科学院第七届优秀科研成果三等奖。本室研究集刊《清史论丛》于1979年创办，多年来一直以较高的学术水准与严谨扎实的文风，受到学术界的瞩目和海内外人士好评，至今已出版27辑。本室编辑的《清史资料》（1－7辑），为治史者提供了较为稀见的清史原始资料和专题资料汇编，深受欢迎，被广泛使用。

本室出版了诸多专著，如《中国学案史》（陈祖武）、《乾嘉学派研究》（陈祖武主编）《乾嘉学术编年》（陈祖武主编）《清代科举制度考辩》（李世愉）、《康雍乾三帝与西学东渐》（吴伯娅）、《清朝皇位继承制度》（杨珍）、《明清澳门涉外案件司法审判制度研究1553-1848》（刘景莲）、《三礼馆：清代学术与政治互动的链环》（林存阳）、《晚清一个外交官的文化历程》（李华川）、《知识与救世：明清之际经世之学研究》（鱼宏亮）等。

本室曾主持并完成的院重大、重点课题有：《乾嘉学派研究》、《乾嘉学术编年》、《中国历代自然灾害及其对策研究》、《从〈唐将书贴〉看南兵北将》、《科举志》、《考异·上》、《康熙朝人物传·下》等。目前进行的主要研究项目《满文档案与清前期宫廷史》、《清前期的的礼治建构》、《〈榕村全书〉整理与研究》、《本土传教士与中西文化交流》、《清前期中西之间的碰撞与交流》。